Po 1 stycznia 1999 roku zmienione zostały zasady gromadzenia środków na emerytury, utworzono system trzech filarów, zapewniających gwarancję wypłaty świadczenia w wysokości uzależnionej od zgromadzonego na nich kapitału. Zakładowi powierzono wiele nowych obowiązków, w tym pobieranie zus składki odprowadzanej później na II filar ubezpieczenia emerytalnego, oraz kolejno przekazywanie jej do otwartych funduszy emerytalnych. Stworzono Kompleksowy System Informatyczny (KSI), jednak skala tego przedsięwzięcia przerosła wyobrażenia wszystkich. Od 1 stycznia 1999 r. rozpoczęło się funkcjonowanie moduł KSI ZUS, zajmującego się obsługiwaniem nowego systemu poboru składek ZUS na ubezpieczenia społeczne oraz na otwarte fundusze emerytalne i ubezpieczenie zdrowotne. Działania te nie uchroniły jednak Zakładu od wielkiej ilości klientów, już w pierwszym miesiącu reformy placówki zus odwiedziło prawie dwa miliony płatników. Dodatkowo wystąpiły zakłócenia w przetwarzaniu ogromnej ilości druków ZUS na postać elektroniczną, gdyż nie przeprowadzono testów programów informatycznych i nie wiadomo było, czy zus druki przetworzą się z formy papierowej na elektroniczną. Pojawiło się wiele krytyki, a zus w oczach społeczeństwa stał się odpowiedzialny za realizację i treść nowych przepisów. Od początku 2009 r. ZUS zaczął wypłacać emerytury obliczane według nowych zasad, czym ograniczono liczbę wcześniejszych emerytur a ich miejsce częściowo zajęły emerytury pomostowe dla osób pracujących w szczególnych warunkach lub osób pracujących o szczególnym charakterze. Dziś można stwierdzić, że system informatyczny KSI ZUS po wielu udoskonaleniach jest jednym z największych i najsprawniej funkcjonujących systemów tego rodzaju nie tylko w kraju, ale również na świecie.